Studenterprojekter på SSI

Echinococcus multilocularis (EM) is a tapeworm of the family Taeniidae. The parasite is endemic in red foxes in Denmark and the causal agent of alveolar echinococcosis in animal and human intermediate hosts.

As part of the project “Zoonotic parasites in foxes from Dennark” faecal samples from red foxes are screened by molecular methods to detect DNA of Echinococcus multilocularis. The DNA-extraction used is based on a magnetic-capture technique specific for EM. The method is, in combination with real-time PCR, quite sensitive, however, it is time consuming and expensive. Therefore, we would like to compare this method with our automated DNA-extraction platform at place at Statens Serum Institut (SSI), which is easier, faster and cheaper. Furthermore, the automated platform is not specific for EM, and therefore allows for the DNA to be used for a broader range of analyses including screening for other pathogens of interest.

The project will involve DNA-extraction of faecal samples and an introduction to molecular methods. Depending on the available time and the interest of the student(s) further analyses can be included.

The project will take place at SSI and can be carried out in English, Danish or other Scandinavian languages.

Contact: Rebecca Berg (rebe@ssi.dk) 

The nematode genus Trichinella can cause the disease trichinellosis in humans and animals. Adult worms live and reproduce in the intestines of the host. The released larvae then migrate to the muscles of the host, where they encyst inside the muscle cells. Larvae are transmitted to a new host through ingestion of infective larvae encysted in muscle tissue.

Trichinellosis is notifiable in suids and equids in Denmark, but has not been reported since 1930, though millions of swine are analysed each year.

The reference method for the detection of Trichinella-larvae is artificial digestion by the magnetic stirrer method, the aim of which is to release larvae from the muscle sample and then detect them by microscopy. However, the quality/handling of the muscle samples may affect the sensitivity and the quality of the digestion. For example, multiple freeze-thaw cycles are known to reduce the digestibility.

The aim of the project is to test modifications to the reference method to enhance the final product of the digestion and, hereby, the sensitivity of the method when using non-optimal sample material.

The project will involve training in the magnetic stirrer method and microscopy. Digestions will be performed on muscle samples spiked with a known number of larvae.

The project will take place at SSI and can be carried out in English, Danish or other Scandinavian languages.

Contact: Rebecca Berg (rebe@ssi.dk) 

The Arctic is getting warmer at an increasing rate, and the derived environmental changes are affecting the ecosystems markedly. In addition to changes in the vegetation, the expected change in precipitation in combination with increased melt-off from the ice caps will likely alter the hydrologic systems in areas of Greenland. Furthermore, temperatures may exceed the thermal tolerance of some arctic species. All these changes may lead to a potential change in pathogen transmission pathways and pathogen diversity.

Barren ground caribou (Rangifer tarandus groenlandicus) is one of the only ungulates native to Greenland. Populations are found on most of the west coast of Greenland and is in some areas mixed with reindeer (R. t. tarandus) introduced to Greenland from Norway. Caribou is commonly hunted for subsistence.

Due to the ecosystem changes and the importance of caribou as a food source, knowledge of their pathogen exposure is important in regard to population health as well as food safety. Therefore, the aim of the project is to provide further knowledge on the prevalence of selected zoonotic parasites within Greenland caribou.

Samples used in this study are collected by the Greenland Institute of Natural Resources and will be a collaboration between them, University of Copenhagen and Statens Serum Institut (SSI).

The project will take place at SSI and can be carried out in English, Danish or other Scandinavian languages.

Contact: Rebecca Berg (rebe@ssi.dk) 

Helminth infections are a major production- and animal welfare issue in grazing small ruminants. Especially the helminth Haemonchus contortus, which has previously had a high occurrence in Danish goat herds, can cause severe disease with anemia, weightloss and even death. For some years now, anthelminthic resistance has also been observed in the species.

Haemonchus contortus is a nematode in the strongyle family, and even though fecal flotation can be of diagnostic aid, accurate species differentiation based on egg morphology is not possible. Different diagnostic tools have been suggested for species differentiation, and molecular methods has proven to have a high sensitivity, but there is currently no commercially available diagnostics in Denmark.

Accurate diagnosis is of paramount importance with regards to helminth control and treatment of infection. SSI suggests a student project involving the test of different diagnostic tools with the possibility of surveying the occurrence of Haemonchus contortus in small ruminants in Denmark. The project is suited for students in veterinary medicine, animal health, biology etc.

The project will take place at SSI and can be carried out in English, Danish or other Scandinavian languages.

Contact: Rebecca Berg (rebe@ssi.dk)

Influenza A virus er et virus der inficerer en lang række værter, heriblandt mennesker, svin og fugle. Indimellem kan influenza A virus springe fra dyr til mennesker og omvendt og kan derfor optræde som et zoonotisk virus. Influenza A virus har historisk set givet anledning til nogle af de største og mest udbredte pandemier i verden. For at forstå hvornår og hvordan et influenza A virus kan springe mellem dyr og mennesker eller give anledning til en ny pandemi, er det vigtigt at have gode metoder til at undersøge virussets genomer. I dette projekt vil formålet være at videreudvikle en simpel og hurtig metode til at fuldgenomsekventere alle influenza A virus, der kan optræde hos dyr og mennesker. Projektet vil give kendskab til metoderne PCR og hurtig sekventering ved brug af moderne teknologi, samt viden om influenza A virus og dets genetiske karakteristika.

Projektet foregår på SSI.

Kontakt: Ramona Trebbien (ratr@ssi.dk)

I de seneste år har der været udbrud med højpatogen fugleinfluenza i Europa og mange andre steder i verden. Den genetiske diversitet har været tiltagende fra sæson til sæson. Virus subtypes og genotypes på basis af virus genomsekvenser og fylogenetisk analyse. I sæsonen 2021/2022 var der udbrud i Europa med mindst 5 forskellige subtyper og 33 forskellige genotyper af højpatogen H5 fugleinfluenza. Projektet vil tage udgangspunkt i de danske virusfund og tilsigte udvikling af en metode til inddeling i genotyper samt mutations analyse med fokus på værtsspecificitet og zoonotisk (smitte fra dyr til mennesker) potentiale. Projektet vil give kendskab til metoderne PCR, moderne sekvensteknologi og influenzavirus bioinformatik, samt viden om influenza A virus og dets genetiske karakteristika.

Projektet foregår på SSI og KU.

Kontakt: Charlotte Hjulsager (ckhj@ssi.dk) og Yuan Liang (yuan.liang@sund.ku.dk)

Fugleinfluenzavirus med subtyperne H5 og H7 kan optræde i lavpatogen eller højpatogen form. Når der opstår mistanke om fugleinfluenza i en fjerkræbesætning udtager Fødevarestyrelsen prøver til diagnostisk undersøgelse på SSI. Såfremt der påvises influenza A virus i prøverne med subtyperne H5 og H7, afgøres patogeniciteten ved sekventering af den del af HA-genet der koder for HA proteinets kløvningssite. Patogeniciteten er en afgørende del af diagnostikken og afgørende for, hvorledes myndighederne skal følge op på en bekræftet mistanke om fugleinfluenza. Projektet går ud på at afprøve Nanopore sekventering til erstatning eller supplement til den nuværende analyse der foretages med Sanger sekventering. Projektet vil give kendskab til metoderne PCR, moderne sekvensteknologi og influenzavirus bioinformatik, samt viden om influenza A virus og dets genetiske karakteristika.

Projektet foregår på SSI.

Kontakt: Charlotte Hjulsager (ckhj@ssi.dk) og Lars E. Larsen (lael@sund.ku.dk)

Vektoroverførte sygdomme er på fremmarch, blandt andet som følge af globalisering og klimaforandringer. Vektorer er ofte insekter såsom myg, mitter, fluer, lus og lopper men de kan også være flåter. Flere vektoroverførte sygdomme har et zoonotisk perspektiv med sygdomsmæssig betydning for både mennesker og dyr. I Danmark har vi inden for de seneste år oplevet udbrud med vektoroverførte sygdomme i vores dyrepopulation. I 2024 ramte den mitteoverførte Bluetongue virus de danske fåre- og kvægbesætninger hårdt og samme år medførte den zoonotiske myggebårne Usutu virus høj dødelighed hos danske solsorte.

For at kunne kontrollere og bekæmpe udbrud af vektoroverførte virussygdomme er det vigtigt at have et indgående kendskab til både virus og vektoren, herunder viden om hvilke værter, vektoren foretrækker. Sådan viden kan bidrage til at afdække smitteveje og risikoen for at vektoren spreder virus mellem forskellige dyrearter (herunder til mennesker).

Én metode til at undersøge, hvilke værter en vektor foretrækker, er at påvise hvilke typer blodmåltider vektoren indeholder.

Projektet har til formål at udvikle og anvende PCR-baserede metoder til at påvise typer af blodmåltider i vektorer.

I projektet vil vi i laboratoriet undersøge hvilke blodmåltider forskellige vektorer indeholder ved at udvikle og afprøve allerede indkørte PCR-baserede metoder til at påvise DNA fra forskellige dyrearter. PCR-metoderne vil først blive afprøvet på på paneler af blodprøver fra forskellige dyrearter og sidenhen på paneler bestående af forskellige vektorer indeholdende blodmåltider. Resultaterne forventes at blive publiceret.

Projektet udføres som et samarbejde mellem KU og SSI.

Kontakt: Ann Sofie Olesen (asjo@ssi.dk)

Afrikansk svinepest (ASF) er en alvorlig virusygdom som rammer tamsvin og vildsvin. Sygdommen er i dag vidt udbredt på verdensplan og forårsager udbrud i Europa, Rusland og Asien.

Virusset som forårsager sygdommen, Afrikansk svinepestvirus (ASFV), er forholdsvist resistent over for inaktivering, især hvis virus er beskyttet af protein. I laboratorier anvendes ofte en såkaldt MPBL buffer til inaktivering af ASFV, men der mangler studier som undersøger effekten af denne buffer på virusset i proteinholdige materialer. Sådanne studier er vigtige for at kunne sikre effektiv inaktivering af ASFV i laboratoriet.

Projektet har til formål at undersøge effekten af MPBL bufferen på ASFV i proteinholdige materialer.

Under projektet vil vi i laboratoriet teste effekten af MPLB buffer på ASFV i forskellige materialer (fx organer og blod) vha. forskellige metoder, herunder qPCR til at påvise virus DNA og virus isolation i celler for at påvise smitsomt virus. Resultaterne forventes at blive publiceret.

Projektet udføres som et samarbejde mellem KU og SSI.

Kontakt: Ann Sofie Olesen (asjo@ssi.dk)

Påvisning af antistoffer mod mund- og klovesyge virus (MKSV) benyttes bl.a. i bekæmpelsen af udbrud med virusset, til fritestning og overvågning efter MKSV-udbrud, til fritestning før eksport og import, og til epidemiologisk opklaring i lande, hvor virus forekommer endemisk (Afrika, Mellemøsten, Asien). MKSV inddeles i syv serotyper (O, A, C, Asia 1, SAT 1, SAT 2, SAT 3), som kan differentieres serologisk ved ELISA og neutralisationstests.

Projektet har til formål at karakterisere udviklingen af serotype-specifikke antistoffer i prøver fra eksperimentelt inficerede og re-inficerede dyr (kvæg og får), herunder kryds-reaktivitet mellem vores fire in-house serotype-specifikke antistof ELISAer for serotyperne O, A, C og Asia-1, samt kits for antistoffer med SAT 1, 2 og 3.

Projektet vil inkludere laboratoriearbejde med ELISA og neutralisationstests, og forventes at føre til publikation sammen med allerede testede prøver.

Projektet er et samarbejde mellem KU og SSI.

Kontakt: Kirsten Tjørnehøj (kitj@ssi.dk)

Antibiotikaresistens findes i bakterier fra mennesker, dyr og miljøet og giver store udfordringer ved behandling. I Danmark bliver en stor andel af antibiotika brugt til behandling af dyr, herunder især svin. Danmark har siden 1995 haft fokus på overvågning af antibiotikaresistens i patogene bakterier fra mennesker og i zoonotiske og indikator-bakterier indsamlet i produktionsdyr, og siden 2015 er der også blevet indsamlet data om antibiotikaresistens i udvalgte patogene bakterier fra svin. I 2021 blev overvågningen i svin udvidet med andre patogene bakterier og suppleret med helgenom-sekventering.

I dette projekt vil den studerende skulle udføre fænotypisk resistensbestemmelse, identificere resistensgener og -mutationer i de sekventerede genomer, sammenligne fænotypiske og genotypiske fund og udføre bioinformatiske og fylogenetiske analyser af de enkelte bakteriearter med henblik på at undersøge, hvorvidt og hvordan antibiotikaresistens spreder sig i den danske svineproduktion og mellem svin og mennesker. Projektet udføres under Dansk Veterinær Konsortium, som består af eksperter fra Statens Serum Institut og Københavns Universitet, og sker i tæt samarbejde med Veterinært Laboratorium under Landbrug & Fødevarer, som står for dyrkning og isolering af bakterier i kliniske prøver fra svin.

Kontakt: Lina Cavaco (cav@ssi.dk) og Jesper Larsen (jrl@ssi.dk) på SSI samt Peter Damborg (pedam@sund.ku.dk) på Københavns Universitet 

Ved dekommissionering af de ældre høj-indesluttede bygninger på Lindholm Ø blev bl.a. benyttet inaktivering ved opvarmning til 70 °C i 8 døgn. Bygningerne var en del af Danmarks veterinære beredskab for alvorlige virussygdomme i dyr, og havde i perioden 1926-2019 været benyttet til forskning i og diagnostik af bl.a. mund- og klovesyge virus (MKSV), Afrikansk og klassisk svinepest virus (ASFV/CSFV), swine vesicular disease virus (SVDV) og rabiesvirus (RABV).

Brugen af varmeinaktivering var baseret på indledende studier af varmeinaktivering af MKSV, ASFV, CSFV og SVDV udført på Lindholm i 2019 (Kristensen et al., 2021), som i 2025 er blevet udvidet for en MKSV stamme.

Resultaterne fra dette arbejde ønskes udvidet med undersøgelse af inaktivering af disse virus i forskellige medier og materialer, som ifølge litteraturen må forventes at beskytte virus mod nedbrydning. Desuden undersøges til sammenligning andre temperaturer og tider.

Projektet vil inkludere laboratoriearbejde i form af fremstilling af virus-præparationer til laboratorieforsøgene, udførsel af forsøgene, virusdyrkning og i visse tilfælde bekræftende PCR, og resultaterne forventes publiceret.

Projektet er et samarbejde mellem KU og SSI.

Kontakt: Kirsten Tjørnehøj (kitj@ssi.dk)